SEGENIC - Plate-forme de séquençage et génotypage d'échantillons biologiques

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La plate-forme de séquence de l’Institut Cochin réalise le séquençage et le génotypage d’échantillons biologiques. L’activité s’appuie sur deux séquenceurs 16 capillaires ABI3100 de la société Applied Biosystems pilotés chacun par un PC sous Windows NT sur lesquels sont installés les logiciels d’Applied Biosystems.

Ces logiciels sont utilisés pour programmer, piloter et analyser les séquences et les génotypes. Les résultats de ces analyses, stockés sur chaque PC d'acquisition, doivent être centralisés dans une base relationnelle et mis à disposition des laboratoires. 

Les enjeux

  • Centraliser les séquences issues des différents séquenceurs sur un unique serveur,
  • Proposer une interface de gestion simple et conviviale, adaptée aux tâches dédiées au personnel du laboratoire,
  • Mettre à disposition des laboratoires clients leurs propres séquences au travers d'une interface web sécurisée,
  • Réaliser des statistiques :
    • Sur l'activité du laboratoire,
    • Sur la qualité des échantillons fournis. 

La solution

  • Développement d'une application sur mesure :
    • Spécifiée et Réalisée en collaboration avec les personnes métier,
    • Basée sur une architecture ouverte : Interface de gestion développée sous Java, Application Web de consultation répondant à une architecture J2EE, Base de données relationnelle ORACLE 10g,
    • Disposants d’une interface de gestion d'indicateurs.
  • Les avantages de la solution :
    • Ergonomie de l’interface de gestion adaptée aux tâches quotidiennes des personnels du laboratoire,
    • Unicité de la base de données,
    • Capacité d'interroger la base à des fins statistiques
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